7 września 1939 r. na obszar powiatu gorlickiego wkroczyły wojska niemieckie. Burmistrzem Gorlic został w tym czasie Andrzej Kwaskowski, aktywny członek ruchu oporu. Mieszkańcy Gorlic zostali dotknięci różnymi formami represji ze strony okupanta. Już 21 sierpnia 1940 r. zorganizowana została pierwsza uliczna łapanka w której zostało aresztowanych 60 mieszkańców miasta, wywiezionych następnie do obozu koncentracyjnego w Oświęcimiu. W 1942 r. zatrzymano, a następnie wywieziono do III Rzeszy uczniów byłego gimnazjum. Tragiczny los spotkał gorlickich Żydów. Byli oni wywożeni do obozów koncentracyjnych drogą kolejową. W październiku 1941 r. zostało utworzone getto, które zlikwidowane ostatecznie zostało w sierpniu 1942 r. Jednocześnie nie zabrakło wśród ludzi woli samozorganizowania się w zbrojny opór przeciwko hitlerowskiemu okupantowi. W 1939 r. powstał obwód Gorlice Związku Walki Zbrojnej, natomiast w 1942 r. powstaje Sztab Obwodu AK Gorlice. Równocześnie odbywały się Tajne komplety. 19 stycznia 1945 r., dokładnie o godzinie 16:30, Gorlice zostały zajęte przez wojska sowieckie. W bezpośrednich walkach o miasto zginęło 60 czerwonoarmistów. Na terenie działały Bataliony Chłopskie oraz Armia Krajowa.
